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GEMMA CONFERENZE

Indice dei contenuti

21° Meeting annuale della Società Italiana di bioinformatica (BITS), 11-13 giugno 2025, Napoli

Comprendere come il corpo umano interagisce con i microbi intestinali è importante per studiare condizioni complesse come l'autismo. Abbiamo creato una nuova mappa molecolare, o "interattoma", per l'analisi dei dati multi-omici ospite-microbiota, che include non solo i geni umani, ma anche i geni microbici e altri fattori biologici. Abbiamo testato questo strumento utilizzando dati di persone con autismo e abbiamo scoperto che poteva identificare percorsi biologici chiave, in particolare sono emersi quelli relativi al metabolismo degli amminoacidi coinvolti nella biosintesi dei neurotrasmettitori. Ha anche mostrato una certa capacità di distinguere tra persone con e senza autismo. Questi primi risultati corrispondono ai risultati di ricerche recenti e suggeriscono che questo nuovo strumento potrebbe aiutare a scoprire importanti informazioni da dati biologici complessi.

Neurogenomics Conference, Milano (IT), Mggio 19-21, 2025

Analizzando i geni legati al comportamento sociale in diverse specie animali, i ricercatori hanno individuato una rete di geni umani fortemente connessi all’autismo. Molti di questi geni regolano lo sviluppo cerebrale e la comunicazione cellulare. Questo approccio comparativo potrebbe portare a scoprire nuovi geni coinvolti nell’autismo e a comprendere meglio il comportamento sociale umano.

International Human Microbiome Consortium (IHMC) 2024, June 22-25, Rome

Studi precedenti su animali germ-free (GF) hanno descritto alterazioni nei comportamenti ansiosi e sociali, insieme a disregolazioni nel metabolismo della serotonina (5-HT) cerebrale. Alterazioni nei livelli circolanti di 5-HT e nel metabolismo intestinale della 5-HT sono state riportate anche nei topi GF. In questo studio, abbiamo condotto un'analisi integrata di vari comportamenti e marcatori del metabolismo della 5-HT nel cervello e lungo il tratto gastrointestinale di topi maschi GF rispetto a quelli convenzionali (CV). Abbiamo riscontrato una forte diminuzione dell'attività locomotoria, accompagnata da alcuni segni di aumento del comportamento ansioso nei topi GF rispetto ai topi CV. L'analisi dell'espressione genica cerebrale non ha mostrato differenze nei geni HTR1A e TPH2. Nell'intestino, abbiamo riscontrato una diminuzione dell'espressione di TPH1 nel colon dei topi GF, mentre era aumentata nel cieco. L'espressione di HTR1A è risultata drasticamente ridotta nel colon, mentre l'espressione di HTR4 è risultata aumentata sia nel cieco che nel colon dei topi GF rispetto ai topi CV. Infine, l'espressione di SLC6A4 è risultata aumentata nell'ileo e nel colon dei topi GF rispetto ai topi CV. I nostri risultati rafforzano l'evidenza del coinvolgimento del microbiota nella regolazione del comportamento, sebbene l'eterogeneità tra gli studi suggerisca un forte impatto di fattori genetici e ambientali su questa regolazione mediata dal microbiota. Sebbene non sia stato osservato alcun impatto dello stato del GF sulla 5-HT cerebrale, sono state osservate differenze sostanziali nel metabolismo della 5-HT intestinale, con risultati tessuto-dipendenti che indicano un ruolo variabile del microbiota lungo il tratto gastrointestinale. 

Il disturbo dello spettro autistico (ASD) è una condizione neuroevolutiva multifattoriale caratterizzata da comportamenti ripetitivi e compromissione dell'interazione sociale e della comunicazione, spesso coesistenti con ansia, deficit cognitivi e sintomi gastrointestinali (GI). Una composizione alterata del microbiota intestinale è stata osservata in individui con ASD e in modelli murini di ASD. Tali alterazioni del microbiota possono esacerbare i sintomi dell'autismo, poiché possono avere un impatto sul sistema immunitario, contribuendo alla disregolazione delle vie della serotonina e della chinurenina e all'aumento della neuroinfiammazione. Questo studio valuta l'impatto del trapianto di microbiota fecale umano (hFMT) da bambini autistici con sintomi gastrointestinali o dai loro fratelli neurotipici a due ceppi di topi germ-free (GF), concentrandosi sui comportamenti correlati all'autismo, sul metabolismo delle chinurenine e della serotonina e sui parametri immunitari.

Risultati principali:

  • hFMT da donatori con ASD e sintomi gastrointestinali o da fratelli neurotipici ha portato a profili di microbiota distinti
  • hFMT ha portato a un comportamento alterato nei riceventi del gruppo con ASD e sintomi gastrointestinali
  • hFMT ha anche influenzato i profili delle cellule T infiammatorie e il metabolismo delle chinurenine
  • Il background genetico del topo ha influenzato gli esiti di hFMT
I Disturbi dello Spettro Autistico (ASD) colpiscono circa 1 bambino/a su 54 negli U.S.A., con un aumento significativo dal 1960. Sebbene una maggiore consapevolezza e un miglioramento nelle pratiche cliniche possano spiegare parte di questo incremento, non lo giustificano completamente. La ricerca suggerisce che ci sia un legame tra ASD e microbiota intestinale motivata dai problemi gastrointestinali presenti in molti bambini/e autisci/che. Gli studi attuali si limitano a comprendere i meccanismi dell'ASD mntre lo studio GEMMA, finanziato dalla Commissione Europea, mira a seguire fin dalla nascita i/le neonati/e a rischio (in quanto fratelli/sorelle di un/una bambino/a con autismo) per identificare i biomarcatori dell'ASD, e e sviluppare studi pre-clinici e trial clinici per capire meglio il ruolo del microbioma e le potenziali risposte ai trattamenti.
Gli acidi grassi a catena corta (SCFA) sono metaboliti chiave della flora batterica intestinale, prodotti dalla fermentazione microbica delle fibre alimentari nel colon. Gli SCFA sono cruciali per la regolazione dell'infiammazione intestinale, il mantenimento della barriera intestinale e la facilitazione dell'interazione intestino-cervello, tutti processi implicati nella fisiopatologia dei disturbi dello spettro autistico. L'obiettivo dello studio era identificare potenziali modelli metabolici associati all'insorgenza e alla progressione dell’autismo mediante un'analisi longitudinale (6, 12, 18, 24, 36 mesi) dei livelli di SCFA fecali in individui a rischio di sviluppare autismo e in individui neurotipici. È stata riscontrata una differenza significativa nello sviluppo longitudinale di alcuni profili di SCFA tra bambini con e senza disturbi dello spettro autistico. Questa differenza era particolarmente evidente per l'acido acetico, l'acido esanoico, l'acido idrossibutirrico e l'acido valerico. Queste differenze indicano un possibile ruolo del microbioma intestinale nell'insorgenza e nella progressione dell'ASD, che potrebbe essere dovuto al cambiamento nella composizione microbica o nell'attività metabolica microbica nell'ambiente intestinale dei bambini con ASD.
L'obiettivo di questo studio era di svelare il panorama metabolomico fecale dei disturbi dello spettro autistico (ASD) attraverso un'analisi metabolomica longitudinale. Campioni fecali sono stati raccolti longitudinalmente da 38 bambini con autismo e 32 controlli neurotipici a diversi intervalli di tempo: 6, 12, 18 e 24 mesi. Il metaboloma è stato estratto con il kit MetaboPrep GC e analizzato mediante gascromatografia-spettrometria di massa utilizzando GCMS-2010SE. I dati sono stati analizzati con il software MetaboPredict e la separazione delle classi a diversi intervalli temporali è stata esplorata utilizzando la Partial Least Square Discriminant Analysis (PLS-DA). La principale e significativa differenza tra i due gruppi è emersa a 18 mesi. Nel tempo, questa differenza subisce una significativa riduzione della variabilità all'interno del gruppo ASD rispetto al gruppo di controllo.

European Society of Human Genetics (ESHG) Conference, Berlin, June 1–4, 2024

La sociogenomica comparata è un campo emergente che integra biologia comportamentale, molecolare ed evolutiva, genomica, neuroscienze e bioinformatica per esplorare le basi genetiche del comportamento sociale tra le specie. Per scoprire le radici genetiche del comportamento sociale con possibili implicazioni nella socialità umana e nell'autismo, è stata eseguita un'analisi di reti molecolari su 659 geni correlati alla socievolezza di diverse specie animali, incluso l'uomo. È stata identificata una rete di 240 geni associati all'autismo (p < 10⁻¹⁵), di cui 194 sono dedotti. Questi geni sono stati raggruppati in 23 comunità funzionali e 32 pathway. Tra questi, i più arricchiti sono quelli della comunità n.1, relativi alla comunicazione cellula-cellula, all'organizzazione delle giunzioni cellulari e alle interazioni delle adherens junction. Questo approccio ha anche portato alla previsione di nuovi possibili geni di rischio per l'autismo che, se validati, potrebbero rappresentare nuovi biomarcatori della condizione, facendo luce sulla sua complessa eziologia.

Molecular network analysis of the cross-talk between genetics, brain gene activity and gut microbiota in autism spectrum disorder​

I disturbi dello spettro autistico (ASD) possono essere influenzati dal microbiota intestinale, ma la connessione tra intestino e cervello è complessa e richiede un approccio multidimensionale. In questo studio abbiamo utilizzato l’analisi dei network di geni per comprendere meglio come i geni legati alla predisposizione genetica all’ASD, all’attività cerebrale e al microbiota intestinale siano connessi tra loro. Studiando con metodi bioinformatici i geni alterati nell’autismo in questi tre ambiti, abbiamo trovato una rete di geni che mostra forti connessioni tra intestino e cervello, evidenziando geni microbici coinvolti nel metabolismo di amminoacidi importanti per la produzione di neurotrasmettitori. Questo rafforza l’idea che il microbiota possa influenzare la funzione cerebrale attraverso specifici percorsi metabolici.
This study was presented at different conferences:

  • International Human Microbiome Consortium (IHMC) 2024, June 22-25, Rome; BBMRI conference
  • 09/07/2024 – Annual Meeting Strengthening BBMRI.it
  • International Scientific association for Probiotics and Prebiotics (ISAPP) annual meeting, July 9-11, 2024, Cork
  • European Pediatric Translational Research Infrastructure (EPTRI) Scientific Meeting, 18 and 19 of July, Bari, Italy

Mind, Mood and Microbes, Amsterdam, the Netherlands, 10-11 May 2023

l progetto GEMMA (Genome, Environment, Microbiome and Metabolome in Autism) è uno studio prospettico finanziato dalla Commissione Europea, che mira a identificare potenziali biomarcatori per trattamenti personalizzati e prevenzione primaria delle condizioni dello spettro autistico (ASC). Il progetto include studi preclinici consistenti in trapianti di microbiota fecale (FMT) da bambini con ASC a diversi modelli murini per esplorare il contributo dell'asse microbiota-intestino-cervello nello sviluppo o nella gravità dell'ASC. Qui presentiamo i risultati ottenuti in topi germ-free colonizzati con il microbiota fecale di un gruppo di quattro bambini con ASC e affetti da disturbi gastrointestinali (stipsi cronica). Questi topi sono stati confrontati con le loro controparti colonizzate con il microbiota fecale dei fratelli neurotipici dei donatori ASC. Le caratteristiche del microbiota fecale, vale a dire diversità alfa, diversità beta, proporzioni relative di diversi phyla e famiglie batteriche e profili di acidi grassi a catena corta, differivano tra i due gruppi di topi. Queste differenze nel microbiota erano accompagnate da differenze nei biomarcatori intestinali, suggerendo un aumento dell'infiammazione e della permeabilità paracellulare nell'ileo dei topi associati al microbiota fecale dei bambini con ASC. Infine, lo studio del fenotipo comportamentale ha mostrato che questi topi presentavano un aumento del comportamento ripetitivo e una memoria spaziale compromessa, rispetto alle loro controparti, associate al microbiota fecale dei fratelli neurotipici. Esperimenti futuri esploreranno la possibilità di mitigare questi deficit comportamentali attraverso un intervento dietetico con simbiotici.

“Young researcher symposia” of FHU PaCeMM, Paris, France, 15 December 2022

Il coinvolgimento dell'asse microbiota-intestino-cervello è stato recentemente preso in considerazione nello studio della fisiopatologia dei disturbi dello spettro autistico (DSA). Studi preclinici hanno dimostrato che interventi sul microbiota intestinale, come trattamenti probiotici o trapianti di microbiota, possono modulare il comportamento in modelli animali di ASD. Il topo germ-free è un potenziale modello, in quanto mostra compromissioni del comportamento sociale e un aumento dei comportamenti ripetitivi rispetto ai topi convenzionali. Pertanto, il nostro progetto mirava a testare l'effetto del trapianto fecale di bambini con ASD sul comportamento e su diversi marcatori biologici in topi germ-free. Abbiamo ipotizzato che i fenotipi comportamentali compromessi nei topi privi di germi non sarebbero migliorati, o addirittura peggiorati, dal microbiota fecale dei bambini con ASD, con o senza sintomi gastrointestinali (GI) come comorbilità (due distinti gruppi "ASD") rispetto ai topi che ricevevano il microbiota dai loro fratelli neurotipici (due distinti gruppi "Fratelli"). Abbiamo scelto di condurre lo stesso esperimento su due ceppi di topi: BALB/c e C57BL/6, poiché mostrano livelli di emotività distinti e abbiamo analizzato i comportamenti correlati ai disturbi dello spettro autistico (ASD) negli animali trapiantati (ad esempio, comportamento sociale, comportamento ripetitivo, ansia e cognizione (memoria spaziale). Inoltre, stiamo analizzando la composizione del microbiota e l'attività di fermentazione, nonché i marcatori di infiammazione, permeabilità e sistema serotoninergico. Il trapianto di microbiota fecale di bambini con ASD in entrambi i ceppi di topi non è stato accompagnato da cambiamenti comportamentali, ad eccezione di alterazioni nella memoria spaziale in C57BL/6. Ciononostante, la composizione del microbiota impiantato nei nostri quattro gruppi di topi BALB/c era distinta tra i gruppi, sia in termini di diversità che di composizione, con differenze fino al livello di phylum. Inoltre, anche il profilo degli acidi grassi a catena corta differiva tra i gruppi, indicando una differenza nell'attività di fermentazione del microbiota. Le differenze nel microbiota sono accompagnate da una riduzione del numero di neuroni serotoninergici nei nuclei del rafe e delle cellule serotoninergiche positive nell'ileo in entrambi i gruppi "ASD" rispetto ai rispettivi gruppi "Siblings". Per i topi C57BL/6, queste analisi sono attualmente in corso. Questi risultati preliminari mostrano che il microbiota dei bambini con ASD può causare alcune differenze comportamentali e biochimiche nei topi riceventi privi di germi. La fase attuale del nostro studio è quella di completare tutte le analisi in corso e determinare se esistano correlazioni tra tali differenze e la composizione e l'attività microbica del microbiota trasferito.

Transplantation of fecal microbiota from children with ASD into both strains of mice was not accompanied by behavioral changes, with the exception of alterations in spatial memory in C57BL/6. Despite this, the composition of the microbiota that implanted into our four groups of BALB/c mice was distinct between groups, both in diversity and composition, with differences up to the Phylum level. Plus, short chain fatty acid profile also differed between groups indicating a difference of fermentation activity of the microbiota. The differences in the microbiota are accompanied by a reduction of the number of serotoninergic neurons in the raphe nuclei and of serotonin positive cells in the ileum in both “ASD” groups compared to their respective “Siblings” groups.  For C57BL/6 mice, these analyses are currently ongoing.

These preliminary results show that the microbiota of children with ASD, can cause some behavioral and biochemical differences in germ-free recipient mice. The current stage of our study is to complete all ongoing analyses and determine whether correlations exist between those differences and the microbial composition and activity of the transferred microbiota. 

Beneficial microbes conference (9th edition), Amsterdam, The Netherlands, 14-16 November 2022

Il coinvolgimento dell'asse microbiota-intestino-cervello è stato recentemente preso in considerazione nello studio della fisiopatologia dei disturbi dello spettro autistico (DSA). Studi preclinici hanno dimostrato che interventi sul microbiota intestinale, come trattamenti probiotici o trapianti di microbiota, possono modulare il comportamento in modelli animali di ASD. Il topo germ-free è un potenziale modello, in quanto mostra compromissioni del comportamento sociale e un aumento dei comportamenti ripetitivi rispetto ai topi convenzionali. Pertanto, il nostro progetto mirava a testare l'effetto del trapianto fecale di bambini con ASD sul comportamento e su diversi marcatori biologici in topi germ-free. Abbiamo ipotizzato che i fenotipi comportamentali compromessi nei topi privi di germi non sarebbero migliorati, o addirittura peggiorati, dal microbiota fecale dei bambini con ASD, con o senza sintomi gastrointestinali (GI) come comorbilità (due distinti gruppi "ASD") rispetto ai topi che ricevevano il microbiota dai loro fratelli neurotipici (due distinti gruppi "Fratelli"). Abbiamo scelto di condurre lo stesso esperimento su due ceppi di topi: BALB/c e C57BL/6, poiché mostrano livelli di emotività distinti e abbiamo analizzato i comportamenti correlati ai disturbi dello spettro autistico (ASD) negli animali trapiantati (ad esempio, comportamento sociale, comportamento ripetitivo, ansia e cognizione (memoria spaziale). Inoltre, stiamo analizzando la composizione del microbiota e l'attività di fermentazione, nonché i marcatori di infiammazione, permeabilità e sistema serotoninergico. Il trapianto di microbiota fecale di bambini con ASD in entrambi i ceppi di topi non è stato accompagnato da cambiamenti comportamentali, ad eccezione di alterazioni nella memoria spaziale in C57BL/6. Ciononostante, la composizione del microbiota impiantato nei nostri quattro gruppi di topi BALB/c era distinta tra i gruppi, sia in termini di diversità che di composizione, con differenze fino al livello di phylum. Inoltre, anche il profilo degli acidi grassi a catena corta differiva tra i gruppi, indicando una differenza nell'attività di fermentazione del microbiota. Le differenze nel microbiota sono accompagnate da una riduzione del numero di neuroni serotoninergici nei nuclei del rafe e delle cellule serotoninergiche positive nell'ileo in entrambi i gruppi "ASD" rispetto ai rispettivi gruppi "Siblings". Per i topi C57BL/6, queste analisi sono attualmente in corso. Questi risultati preliminari mostrano che il microbiota dei bambini con ASD può causare alcune differenze comportamentali e biochimiche nei topi riceventi privi di germi. La fase attuale del nostro studio è quella di completare tutte le analisi in corso e determinare se esistano correlazioni tra tali differenze e la composizione e l'attività microbica del microbiota trasferito.
Transplantation of fecal microbiota from children with ASD into both strains of mice was not accompanied by behavioral changes, with the exception of alterations in spatial memory in C57BL/6. Despite this, the composition of the microbiota that implanted into our four groups of BALB/c mice was distinct between groups, both in diversity and composition, with differences up to the Phylum level. Plus, short chain fatty acid profile also differed between groups indicating a difference of fermentation activity of the microbiota. The differences in the microbiota are accompanied by a reduction of the number of serotoninergic neurons in the raphe nuclei and of serotonin positive cells in the ileum in both “ASD” groups compared to their respective “Siblings” groups.  For C57BL/6 mice, these analyses are currently ongoing.
These preliminary results show that the microbiota of children with ASD, can cause some behavioral and biochemical differences in germ-free recipient mice. The current stage of our study is to complete all ongoing analyses and determine whether correlations exist between those differences and the microbial composition and activity of the transferred microbiota.

FENS Forum 2022, Paris, France, 9-13 July 2022

Il disturbo dello spettro autistico (ASD) è un disturbo dello sviluppo neurologico che colpisce 1 persona su 160 nel mondo. Sebbene vi sia una forte ereditarietà genetica per l'ASD, è ormai accettato che i fattori ambientali possano svolgere un ruolo nella sua insorgenza. Poiché la prevalenza di sintomi gastrointestinali (GI) è quattro volte superiore nei pazienti con ASD, il potenziale coinvolgimento del microbiota intestinale in questo disturbo è oggetto di studi sempre più approfonditi. È stata dimostrata una composizione alterata del microbiota nei pazienti con ASD, accompagnata da una produzione alterata di metaboliti batterici. Questo progetto mira a determinare se il microbiota può influenzare il comportamento quando trapiantato in topi germ-free. La nostra ipotesi è che un pool di microbiota proveniente da pazienti con ASD, in particolare quelli con sintomi gastrointestinali, peggiorerà i fenotipi comportamentali correlati all'ASD in quei topi, oltre ad avere un impatto su vari marcatori biologici correlati all'ASD, rispetto ai topi GF trapiantati con microbiota proveniente dai fratelli neurotipici di quei bambini. Per garantire che i topi fossero esposti esclusivamente al microbiota del donatore, sono stati tenuti in isolatori per tutta la durata degli esperimenti. Gli esperimenti sono stati condotti sia su topi BALB/c che C57BL/6, ma alcune analisi sono ancora in corso.

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